プチ用語 rCRS : The revised Cambridge Reference Sequence
mtDNA配列の基準となる配列。1970年代に最初に報告され、以後誤りを訂正し、1999年にrCRSとして発表された。そのrCRSはヨーロッパのハプログループH2a2aに相当する。その後、mtDNAが人類の遺伝子系図に用いられるようになると、新規の報告はrCRSとの差異を報告する形で行われることが多かった。
その後、alternative Yoruba reference sequenceという、アフリカの一個人の配列が、他のmtDNA配列との差異を計測する基準として使用された。
2012年にrCRSとYorubaが統合する形でRSRS(Reconstructed Sapiens Reference Sequence)がミトコンドリアイブのmtDNA配列と同等のものとして制定され、ハプログループの比較により有用なものとなっている。
マクロハプログループN系
日本ではNから直接分岐するAおよびN9、そしてNの枝であるRから分岐するBとFが見いだせる。日本には見いだせなかったが、rCRS配列とN1bがRとNの枝に属することも確認した。
ハプログループA
日本ではA1aに加え、今回新たにA1b A1cを認めた。A2はチュクチで認め、日本でも新規に2つの系列を認めた。日本で新たにA3 A4 A5が認められた。
A1は北および中央アジアに広く分布するがA1aは韓国と日本に認められる。A1は中央アジアで最も多様性が高く、日本では本土およびアイヌ・琉球でともに認められる。
A2は主としてカムチャッカ半島を含む北東シベリアに分布するが、チベットにも見いだすことができる。頻度および多様性が最も高いのはチュクチである。
|
JPN |
RYU |
AIN |
Ch5 |
KAM |
CHU |
KOR |
TIB |
| A1 |
- |
- |
- |
- |
- |
1.67 |
0.19 |
- |
| A1a |
2.13 |
- |
- |
- |
- |
- |
3.54 |
- |
| A1b |
4.57 |
2 |
3.92 |
7.36 |
3.3 |
- |
2.98 |
6.15 |
| A1b1 |
0.15 |
- |
- |
0.46 |
- |
- |
0.74 |
- |
| A2a |
- |
- |
- |
- |
- |
10 |
- |
- |
| A2b |
- |
- |
- |
- |
2.2 |
50 |
0.37 |
3.08 |
推定分岐年代
A 23000+-8000
A1 24000+-7000
A1a 15000+-7000
A1a1 11000+-5000
A1a1a 5000+-5000
ハプログループY N9a N9b
今回の報告でYから分岐する枝が判明し、N9bとした。
Yはアイヌで最も頻度が高いが、その系統は1つしかない。多様性が最も高いのは北中国であり、北東シベリアのNivkhsからも非常に高い多様性が報告されている。
N9aは中国全土と韓国で最も多様性が高く、日本では本土にのみ存在する。N9bはたいへんまれで、南中国と韓国に存在するが、驚くべきことに琉球およびアイヌを含む日本で最も頻度が高い。
|
JPN |
RYU |
AIN |
Ch5 |
MAN |
KAM |
KOR |
TIB |
| N9a |
4.57 |
- |
- |
2.91 |
- |
- |
3.19 |
- |
| N9b |
2.13 |
2 |
2 |
0.13 |
- |
- |
0.19 |
- |
| Y |
0.38 |
- |
21.6 |
0.53 |
- |
9.89 |
2.23 |
- |
| HV |
0.91 |
- |
- |
1.85 |
18.4 |
1.1 |
1.12 |
- |
推定分岐年代
N9 29000+-8000
N9a 14000+-5000
N9b 14000+-9000
Y 19000+-8000
ハプログループF
FはF1bのみが日本でよく見られ、アイヌおよび琉球にも分布している。このハプログループの多様性がもっとも高いのは台湾を含む東中国である。
|
JPN |
RYU |
AIN |
Ch5 |
TUV |
FIL |
KOR |
TIB |
| F |
0.23 |
- |
- |
2.25 |
- |
- |
0.37 |
1.54 |
| F1a |
0.15 |
- |
- |
4.62 |
- |
- |
0.74 |
- |
| F1a1 |
1.52 |
- |
- |
7.93 |
- |
- |
1.12 |
- |
| F1b |
3.13 |
2 |
2 |
1.19 |
6.12 |
8.33 |
2.05 |
- |
| F2 |
- |
- |
- |
0.4 |
- |
- |
- |
- |
| F2a |
0.15 |
- |
- |
0.79 |
- |
- |
0.19 |
- |
| F2a1 |
0.08 |
- |
- |
0.66 |
- |
- |
- |
- |
| F3 |
0.08 |
- |
- |
0.53 |
- |
- |
0.19 |
- |
推定分岐年代
F 47000+-9000
F1 30000+-8000
F1b 31000+-7000
F4 33000+-8000
F1a 15000+-7000
F2 14000+-16000
ハプログループB
アジアのBはB4とB5であり、B4a B4b B4cに加え、日本での枝としてB4d B4e B4fがある。またB4a B4b B4cの分枝も日本において認められる。B5はB5a B5bに分かれ、さらにその分枝も認められる。
Bの祖型はKoryacksなどシベリアを除き、アジア全体に広く分布している。古いサブグループであるB4は中央～東アジアに分布し、中央アジアから日本まで多様性はほぼ100%に及ぶ。B4aも同様の分布であるが、琉球、雲南のラフ族、台湾先住民に新規の分枝を認める。B4cについては、B4c2は南方で多いが、B4c1は主に韓国と日本で認め、その分枝であるB4c1bは台湾に認める。
B5aは南～東中国および台湾で高い多様性を認めるが、分枝であるB5a1は北中国および本土日本で高い多様性がある。B5bは韓国で最も高い多様性があるが、フィリピンにも到達している。おもしろいことにB5b1は最も高い多様性および頻度を日本本土に認める。
|
JPN |
RYU |
AIN |
Ch5 |
TWA |
FIL |
KOR |
TIB |
| B |
1.3 |
- |
- |
1.19 |
- |
3.13 |
- |
- |
| B4 |
0.76 |
2 |
- |
1.98 |
- |
- |
0.74 |
1.54 |
| B4a |
0.84 |
- |
- |
4.36 |
14.9 |
- |
0.56 |
- |
| B4a1 |
0.84 |
2 |
- |
- |
0.48 |
- |
0.56 |
- |
| B4a2 |
- |
- |
- |
- |
- |
- |
- |
- |
| B4a3 |
- |
- |
- |
1.85 |
- |
- |
- |
- |
| B4b |
0.53 |
- |
- |
1.72 |
4.33 |
- |
0.74 |
- |
| B4b1 |
2.13 |
2 |
- |
- |
- |
- |
0.56 |
- |
| B4c1 |
1.6 |
- |
- |
- |
- |
- |
0.74 |
- |
| B4c1b |
0.61 |
- |
- |
1.05 |
4.81 |
- |
0.56 |
- |
| B4c2 |
0.08 |
- |
- |
1.19 |
- |
- |
- |
- |
| B4f |
0.3 |
4 |
2 |
- |
- |
- |
0.38 |
- |
| B5 |
- |
- |
- |
0.13 |
0.48 |
- |
- |
- |
| B5a |
- |
- |
- |
6.74 |
6.25 |
3.13 |
- |
- |
| B5a1 |
0.61 |
- |
- |
- |
- |
- |
3.54 |
- |
| B5b |
0.3 |
2 |
- |
0.4 |
- |
12.5 |
0.19 |
- |
| B5b1 |
0.99 |
- |
- |
0.13 |
- |
- |
- |
- |
| B5b2 |
2.29 |
- |
- |
0.26 |
- |
- |
0.93 |
- |
| B5b3 |
0.08 |
- |
- |
0.13 |
- |
- |
- |
- |
推定分岐時期
B 46000+-15000
B4 38000+-8000
B5 49000+-8000
B4a 25000+-6000
B4b 26000+-5000
B4c 22000+-10000
B4f 18000+-6000
B5a 26000+-6000
B5b 21000+-5000
